Артём, я просто делал как правильнее основываясь на логике iiko. Два варианта с переключением в админке я здесь вряд ли буду делать, это вообще достаточно нестандартная ситуация, когда в ресторане 2 блюда в разных разделах лежат. Пр большей части, те, кто использует модуль, в битриксе ничего не правят, то же описание можно из iiko грузить. В вашем случае скорее всего проще будет сделать свойство привязки к элементам типа "Основной товар", и выводить у остальных кроме основного meta canonical на основной, раз уж вы в битриксе что-то правите, либо даже можно автоматически это делать, без свойства привязки, ведь XML_ID у всех этих товаров одинаковый, просто брать из них товар с наименьшим ID, например, и указывать в качестве canonical, мне кажется это должно решить вашу проблему.
